Omettre de déclarer certaines dépenses éligibles au crédit impôt recherche (CIR) ou au crédit impôt innovation (CII) peut sembler irrémédiable. Pourtant, il est souvent possible de régulariser la situation et de récupérer les montants auxquels votre entreprise avait droit. Encore faut-il agir rapidement et avec méthode, car les délais et les exigences administratives sont stricts.
Un oubli fréquent, mais rattrapable
Les raisons d’un oubli de déclaration peuvent être multiples : changement d’équipe comptable, manque de suivi des projets de R&D, ou encore absence de connaissance des critères d’éligibilité. Ce type d’erreur est plus fréquent qu’on ne le pense, en particulier dans les structures où l’innovation n’est pas centralisée dans un service dédié.
Heureusement, la réglementation fiscale offre la possibilité de déposer une déclaration rectificative, sous réserve de respecter les délais légaux. Passé ce délai, les droits au crédit d’impôt sont définitivement perdus.
Délais légaux pour corriger un oubli
En matière fiscale, le délai de reprise de l’administration est généralement de trois ans. Cela signifie qu’une entreprise peut, dans la plupart des cas, régulariser un oubli pour un exercice clos depuis moins de trois ans. Par exemple, une dépense de R&D éligible au CIR oubliée lors de la déclaration 2025 pourra être réintégrée jusqu’au 31 décembre 2028.
Ce délai s’applique aussi bien au CIR qu’au CII. Toutefois, il est conseillé d’agir au plus tôt pour éviter les risques de contestation liés à la perte ou à la dégradation des justificatifs techniques et financiers.
Bonnes pratiques pour sécuriser la régularisation
Pour que votre demande rectificative soit acceptée, elle doit être étayée par un dossier solide. Cela implique :
- De reconstituer la documentation technique démontrant le caractère innovant ou expérimental du projet
- De fournir les justificatifs financiers précis des dépenses éligibles (salaires, sous-traitance, amortissements…)
- De vérifier la cohérence des montants avec les autres déclarations fiscales et sociales
Une présentation claire et structurée du dossier facilite son traitement et réduit le risque de rejet.
Exemple concret
Une PME du secteur industriel avait omis d’inclure dans son CIR 2024 plusieurs factures de sous-traitance en R&D, représentant 50 000 € de dépenses éligibles. En déposant une déclaration rectificative dans les délais, accompagnée d’un rapport technique détaillé, elle a pu obtenir un remboursement de près de 15 000 €.
Prévenir les oublis à l’avenir
Si corriger un oubli est possible, mettre en place un suivi rigoureux des projets éligibles reste la meilleure stratégie. Cela passe par un système de suivi analytique, une formation des équipes, et l’appui d’une équipe d’experts pour identifier et documenter les dépenses éligibles tout au long de l’année.
En anticipant et en documentant correctement les projets, votre entreprise sécurise ses demandes, maximise ses chances de récupération et évite les pertes financières inutiles.